Ciao, purtroppo oggi si affrontano situazioni che in precedenza sono state valutate con leggerezza, se non addirittura non sono state nemmeno viste. Il fatto che ti trovi davanti una richiesta di avviare una ristrutturazione perchè difforme dalle documentazioni comunali, questo ci può stare, perchè la scheda catastale non essendo un atto probatorio, non determina la veridicità della documentazione trasmessa in passato ... cosa diversa oggi che all'atto di una nuova scheda catastale, o semplicemente una modifica devi segnalare il numero di prot. della pratica e la data di fine lavori... oltre ad altre segnalazioni obbligatorie. Come vedi oggi qualcosa è modificato a livello catastale ed ora si tratta di sistemare la situazione comunale.
Ora il fatto che il tecnico ti abbia chiesto di avviare una ristrutturazione (penso senza opere, come previsto dal DPR 380), è sempre meglio che chiederti una sanatoria che comporterebbe una sanzione amministrativa.
Per quanto riguarda infine la tua agibilità o abitabilità, nessuno la toglie, penso ti sia stato chiesto di sistemare la documentazione perchè si saranno resi conto della difformità comprendendo che non siete responsabili voi.
Spero esserti stato d'aiuto.