Intanto direi che il titolo è alquanto fuorviante dato che non mi pare si tratti si usucapione. Da quello che ho potuto capire hai acquistato la nuda proprietà di quest'area poiché l'usufrutto era già assegnato a ..... due persone?
Comunque sia l'usufruttuario potrà disporre del bene come meglio crede, dato che è proprio questo che permette l'usufrutto (da capire il motivo per cui indichi un usufrutto al 50%? In termini di superficie o in termini di numero di usufruttuari?)
L'abbattimento dell'alberatura è un intervento di manutenzione straordinaria che deve comunque essere consentito dal comune che di norma si fa pagare il valore ornamentale pianta abbattuta. Inoltre è bene stabilire per prima cosa con l'usufruttuario, nell'eventualità della modifica dell'area cortilizia, chi potrà e in quali modalità farne uso di questo ulteriore "posto auto" ventosi a creare, dato che l'uso è a suo appannaggio dell'intera area.
Mi viene poi da chiedermi se questi "posti auto" una volta creati si potranno utilizzare in contemporanea oppure uno dei due possa limitare l'altro.
Da tutto questo si capisce anche che chi ha necessità di abbattere la pianta ne pagherà le spese, dato che se all'usufruttuario non interessa avere un ulteriore spazio a disposizione ovvio che toccheranno a te le spese ed è quindi bene mettere per iscritto l'uso del nuovo parcheggio venutosi a creare, dato che, come già scritto, l'uso di tutta l'area sarebbe prerogativa degli usufruttuari.