Fai confusione tra catasto e comune. Lo stato legittimo si riferisce a quanto sia stato autorizzato/depositato in Comune. Quindi se in Comune risulta un ripostiglio quello è. Non si capisce quindi come fai a scrivere che in Comune risulta un ripostiglio ma che ha una licenza edilizia del 1960 come ufficio. O una o l' altra!
Se sono state presentate nel tempo delle variazioni catastali, prima con uso ufficio e poi come abitazione, non hanno legittimato tali usi se prima non siano state presentate delle pratiche edilizie in Comune (in questo caso giusto un condono vista l' altezza dei locali).
Ma veniamo al punto fondamentale della faccenda. Per presentare un progetto in Comune oggi il tecnico deve asseverare lo stato legittimo dell' immobile, documentando le eventuali (quasi certe) tolleranze, e da qui partire per i nuovi lavori.
Non conoscendo di preciso la situazione si fa sempre un po' fatica a rispondere, però in linea di massima la soluzione prospettata dal tuo tecnico non è così male. Io vedo tre possibili percorsi:
1) Soluzione del tuo tecnico: ripristino dello stato legittimo come da documenti comunali (quindi allarghi il fabbricato) e da questo stato legittimo partirà il tuo progetto che prevederà una differente distribuzione interna e cambio d'uso. È più semplice come pratica ma ti dà un volume extra che probabilmente non è mai esistito.
2) Soluzione come la precedente ma il progetto prevederà la demolizione e ricostruzione a parità di volume. Attenzione: questa soluzione è possibile solo se le nuove pareti avranno una distanza consona a tutta la normativa attuale (3 metri da altri fabbricati se senza finestre, 10 metri se si ha la presenza di finestre), molto difficile per un edificio in una corte. Sarebbe comunque l' ipotesi migliore sebbene più costosa poiché ti farebbe sfruttare al meglio il volume legittimo del tuo fabbricato.
3) Dichiarare come stato legittimo il volume reale utilizzando le tolleranze (la minore dimensione di un edificio va sempre in tolleranza), però poi la veranda extra la fai se hai ancora un indice edificatorio da sfruttare (improbabile) e se le nuove pareti rispetteranno la normativa (come al punto 2). Il concetto che ti "riprendi" il volume mancante realizzando una nuova veranda non esiste poiché devi partire da uno stato legittimo che o è il reale o è quello presente nella precedente pratica.
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Allineamento catastale necessario?