Semplificando, direi:
Caso 1. Rigetto per mancanza di documentazione che tuttavia può essere ottenuta. Ad esempio se manca il collaudo statico e per ottenerlo basta l'accesso agli atti al genio civile, poco male.
Caso 2. Rigetto per mancanza di documentazione che tuttavia può essere ottenuta, anche se in maniera meno lineare del caso 1. Ad esempio se manca il collaudo statico e da un accesso agli atti al genio civile questo non risultasse presente, tuttavia può essere ottenuto oggi incaricando un collaudatore.
Caso 3. Rigetto per mancanza di documentazione che NON può essere ottenuta. Ad esempio se manca il collaudo statico e da un accesso agli atti al genio civile questo non risultasse presente e non può essere proprio ottenuto per problematiche non risolte a suo tempo.
Ho segnato alcune possibilità, a partire dal caso più semplice, facendo riferimento al collaudo, ma la stessa cosa potrebbe valere per altra documentazione.
Ovviamente se si rientra nei primi 2 casi, la cosa è risolvibile e al massimo al venditore si possono richiedere le spese sostenute per ottenere l'agibilità, sempre se gli accordi erano tali per cui si vendeva un immobile per il quale risultava presentata la SCIA di agibilità, da parte del proprietario, pertanto si prometteva in vendita un immobile per cui l'agibilità sarebbe stata ottenuta a breve.
Nel caso 3 le cose si complicano, e si può arrivare addirittura all'annullamento dell'atto per "aliud pro alio".