Credo che il problema non sia tanto l'obbligo ad accollarsi le spese, ma che diritto hai di avere l'IVA scontata al 4%.
Se sei proprietario al 100% della casa, ovviamente quel diritto lo hai. Se sei proprietario al 50%, in teoria hai diritto a quello sconto solo sul 50% delle spese.
Quindi immagino che anche se si accollasse tutte le spese la parte che ha il 4% di sconto, può applicare il proprio "diritto" al 4% solo sul 50% di tali spese.
Credo che la risposta dell'agenzia delle entrate sia da intendersi cosi'.
Che poi magari la cosa sia difficile da verificare, e quindi magari se fai mettere il 4% su tutto poi è difficile che ti venga contestato è un altro discorso.
(Anche se secondo il mio commercialista non è poi cosi' improbabile una contestazione).