Di norma la canna la si fa passare nella posizione che da il minor danno al condomino dell'ultimo piano, se questo è in posizione arretrata rispetto la facciata dei piani sottostanti. Quindi sarebbe opportuno che la canna passasse in un punto dove l'involucro esterno dell'ultimo piano sia a filo con quelli sottostanti se esistente, altrimenti in una posizione di minor intralcio alla vista / godimento della sua terrazza.
Lo scambio di finestra e porta-finestra sulla planimetria catastale è irrilevante ai fini fiscali, quindi si può anche omettere, a meno che il notaio non operi in una regione dove si pretenda la perfetta conformità catastale. Meglio quindi parlarne con un professionista che sappia indicare la via corretta in relazione anche alla località della futura compravendita.
Più che altro mi preoccuperei se tale scambio sia anche riportato nei precedenti edilizi in Comune, dato che sarebbe da sanare o far rientrare nelle tolleranze costruttive. Anche qui, Regione/Comune che vai, regole che trovi.