Non mettiamoci a fare i tuttologhi: io non saprei dire quali siano i vincoli contabili di corrispondenza tra fattura e strumento/pagamento utilizzato. Non mi risulta ci siano da parte del fornitore dei servizi: credo debba solo mantenere la sequenza numerata delle fatture, che non vengono ad essere oggetto di modifica. Che le dichiari quietanzate o meno, non rientra negli obblighi fiscali, (nel senso che se le dichiara pagate e non lo sono, è lui il fesso, non il fisco che lo prende per buono)
La circolare non dice di rifare fatture e riaccrediti. Dice solo che se tizio non ha fatto il bonifico nella forma corretta, non può detrarre, salvo che riemetta un nuovo bonifico, compilato correttamente. Ovviamente in questo modo paga due volte: non vedo cosa centri la contabilità del fornitore, se questo, in accordo col cliente, ricevuto due bonifici e quindi doppia remunerazione alla sua fattura originaria, restituisca l'importo pagato in eccesso.
Dopodichè chi sborsa i quattrini avrà un bonifico in regola ai fini fiscali, che può esibire al controllo.
Chi deve essere pagato incassa il corrispettivo corretto. Eventualmente dovesse essere chiamato a rispondere delle sue movimentazioni bancarie, avrebbe tutte le pezze giustificative, per spiegare che non ha fatto altro che restituire i soldi versati erroneamente con un doppio pagamento.