Se la rappresentazione grafica allagata all'atto e la descrizione dell'immobile corrispondono direi che non ci dovrebbero essere molti dubbi su ciò che avresti acquistato...
Per quanto riguarda la pertinenzialità, questa dipende dall'effettiva destinazione e non solo dalla situazione catastale. Ovviamente se una cantina risulta accatastata con l'appartamento si presume che sia di sua pertinenza. Così come un garage accatastato come unità immobiliare a sè può essere destinato a pertinenza di un distinto appartamento.
Creando una nuova unità non escludi automaticamente il vincolo pertinenziale. Il problema è semmai risalire alla proprietà del bene. Perchè la nuova unità ottenuta dal frazionamento, salvo che tu non sia in grado di produrre al catasto l'appropriata documentazione, rimarrebbe a te catastalmente intestata. Forse un tecnico potrebbe darvi una mano a fare chiarezza.