in catasto le variazioni le puoi apportare tranquillamente a seguito di un titolo edilizio. il difficile è ottenere il titolo edilizio "postumo" ma nel tuo caso, se le difformità sono riconducibili solamente ad una diversa distribuzione interna, allora risolvi facilmente incaricando un tecnico presentando la richiesta di un accertamento di conformità ai sensi dell'art. 36 del DPR 380/01 che comporta il pagamento di una sanzione minima di € 516 oppure il doppio del contributo di costruzione (nel lazio il minimo sono 1000 € in quanto è vigente una legge regionale che ha inasprito le sanzioni). successivamente il tuo tecnico presentera una variazione catastale mediante procedura DOCFA ed il problema è risolto.